Le principe de la lésion fonctionnelle repose sur le cercle vicieux douleur-immobilisation : pour une raison quelconque, des groupes musculaires se spasment, causant une limitation articulaire sur un segment donné, et imposant une direction préférentielle au mouvement (par exemple si une contracture se déclare sur des muscles intertransversaires du côté droit, elle entraîne une flexion du même côté) ; pour lutter contre cette flexion, les muscles (intertransversaires) du côté opposé (gauche) se contractent, mais aussi tous les muscles longs du dos, pour aider à la compensation : partant d'un blocage sur une articulation d'un côté, on aboutit à un blocage des deux côtés sur plusieurs articulations, il en résulte un blocage général. La plupart de ces lésions siègent sur les articulations intervertébrales.

Lésion fonctionnelle adaptative
Toute lésion qui provoque des perturbations de structure des tissus n'est plus une lésion fonctionnelle : ainsi les problèmes de pied type abcès, bleimes, seimes, fourbures, les lésions ostéo-articulaire telles que l'arthrose, les fractures, les ostéochondroses, et les lésions des tissus mous (desmite, déchirure, entorse, luxation…) ne sont pas des lésions fonctionnelles.
Cependant en obligeant l'animal à adopter la position qui lui permet de moins souffrir, elles peuvent à leur tour engendrer des lésions fonctionnelles, qui apparaîtront (manifestation de douleur, boiterie) lorsqu'elles deviendront trop importantes pour être compensées : ce sont des lésions fonctionnelles adaptatives.

Variation du schéma corporel
Conséquence de la lésion fonctionnelle, toute perturbation qui perdure plus d'une semaine engendre une variation (réversible) du schéma corporel : le cheval s'adapte à sa lésion.