Après la séance de manipulation, on observe un changement immédiat. Le cheval qu'on fait tourner sur lui-même ou trotter juste après la manipulation se déplace différemment. Mais il ne se déplace pas forcément bien :

• Il peut arriver que la résolution des lésions fonctionnelles fasse ressortir une lésion primaire, non fonctionnelle, qui peut devenir plus visible car elle ne sera plus compensée : le cheval ressort de la manipulation encore plus boiteux ; la lésion mise ainsi en évidence n'a pas été créée, mais seulement révélée par la manipulation, elle préexistait en général à la lésion fonctionnelle et en était la source ; il convient alors de faire diagnostiquer et traiter cette lésion initiale par le vétérinaire traitant ;
• Parfois le cheval est fortement courbatu pendant quelques jours, de plus il doit modifier son schéma corporel, qui s'était adapté à l'existence de la lésion. C'est pourquoi il est recommandé pendant la semaine qui suit la manipulation de travailler en ligne droite, ne pas demander trop de gymnastique.

Après ces effets à court terme, le cheval continue à s'adapter avec son nouveau schéma corporel : il faudra compter un mois après la séance de manipulations pour en obtenir le bénéfice maximal. C'est pourquoi les séances sont généralement espacées d'un mois.